例えばこんな感じにしておいて、

<div id="slides">
  <div>1枚目</div>
  <div>2枚目</div>
  <div>3枚目</div>
</div>

スクリプトにこう書けば、

window.onload = function () {
  var i = 0;
  var list = [];

  list = $('#slides').find('div');

  $(list[0]).fadeIn(1000);

  setInterval(function () {
    $(list[i]).hide();
    if (i < list.length - 1)
      i++;
    else
      i = 0;

    $(list[i]).fadeIn(1000);
  }, 3000);
};

お手軽に、フェードイン/アウトをするスライドショーの出来上がり。